随着吴忠市行政区划的两次调整，利通区审计局也经历了与吴忠市审计局合署办公、由吴忠市审计局向利通区派驻审计机构等两种运行模式。2014年，吴忠市简政放权，把审计、环保、卫生、人力资源管理等职能下放至利通区和红寺堡区。近期，吴忠市编制委员会通过了利通区审计局“三定”方案，利通区第三届人民代表大会常务委员会第十九次会议通过了审计局长的任命，利通区审计局正式成立运行。（吴忠市利通区审计局）